La tradición la sitúa como la primera parroquia onubense bajo la advocación del apóstol Santiago. Fue sede desde el siglo XVII de las Cátedras de Latinidad y Gramática creadas por D. Diego de Guzmán y Quesada, que hacen de este lugar el primer centro docente de enseñanza Media y Superior de Huelva.

Sencillo edificio muy ligado a la historia de Huelva, por los múltiples usos que ha tenido, destaca el hecho de haber sido el lugar donde detuvieron al poeta Miguel Hernández en su huida hacia Portugal tras la Guerra Civil española.
Esta iglesia alberga las imágenes de la Hdad. de la Soledad y una cripta del siglo XVII.